La Fundación Juan Pablo II nace durante la visita del Papa Juan Pablo II a nuestro país, bajo la convocatoria del entonces Cardenal Arzobispo de Santiago Monseñor Juan Francisco Fresno Larraín y la colaboración de los empresarios Anacleto Angelini, Ricardo Claro, José Luis Del Río, Jorge Garcés, Eduardo Guilisasti, Eliodoro Matte, Jorge Matetic, Gonzalo Vial, Hugo Yaconi y Jorge Yarur.

Constituida como una corporación de derecho privado, sin fines de lucro se le otorga personalidad jurídica el 23 de octubre de 1987 . El objetivo de esta institución está orientado a "proporcionar ayuda material o de otra índole a personas de escasos recursos o de mayores necesidades económicas para que ingresen o desarrollen sus estudios en los establecimientos universitarios del país.